Pokémon Crystal Version, které původně vyšla v roce 2000 pro Game Boy Color, přidala do série her s Pokémony nové prvky. Poprvé jste si mohli vybrat mezi mužskou a ženskou postavou. Bitvy konečně obsahovaly pořádné animace. Teď se Pokémon Crystal vrací, aby vás vrátila do regionu Johto, nebo vám umožnila jej poprvé navštívit.
Navštivte region Johto a prožijte dobrodružství postavené na hrách Pokémon Silver a Pokémon Gold s přidanými prvky a vylepšeními – jedná se o jakousi definitivní verzi druhé generace Pokémonů
Po dokončení příběhu se setkejte s mýtickým Pokémonem Celebi
Setkejte se s mysteriózní postavou Eusine a zjistěte, jak je spojena s legendárním Pokémonem Suicune
Bojujte a vyměňujte Pokémony s přáteli pomocí lokálního bezdrátového multiplayeru
S pomocí placené služby Pokémon Bank můžete pokémony chycené v této hře převést do Pokémon Sun, Moon, Ultra Sun a Ultra Moon