Záhadná Espella je pronásledována mystickou mocí skrze město Londýn a tak v nouzi najde pomoc u legendárních řešitelů rébusů a hádanek Professora Laytona a jeho asistenta Lukeho Tritona. Než ale zjistí o co vůbec jde, tak je Espella unesena. Při snaze jí pronásledovat se Professor Layton a Luke Triton střetnou s prapodivnou knihou a jsou tak přeneseni do zvláštního středověkého města jménem Labyrinthia – město osídleno čarodějnicemi a kouzly!
Neobyčejný obhájce Phoenix Wright a Maya Fey se také přenesou do města Labyrinthia po objevení knihy při pracovní cestě do Londýna. Když zjistí, že je Espella souzena jako čarodejnice, tak se jí Phoenix rozhodne obhájit. Zatímco se Phoenix snaží pochopit prapodivné zákony zdejšího města, tak Professor Layton louská záhadné rébusy – mohou ale mistří svého řemesla pracovat pospolu a zachránit tak Espellu? Objevte pravdu ve hře Professor Layton vs. Phoenix Wright: Ace Attorney na Nintendo 3DS!
Dva naprosto unikátní herní styly se propojily dohromady – vyřešte případ záhadného města Labyrinthia – řešte rébusy a hlavolamy společně s obhajobou u soudu! Professor Layton jde po stopách záhad, rébusů a snaží se tak rozluštit hádanky. Obhájce Phoenix Wright se střetne s úplně jiným podivným zákonem, který panuje v této zemi a tak musí zapojit všechny své síly a schopnosti aby mohl vyhrát v soudním procesu. Při tom musí řešit více kvízů najednou a hledat tak kontradikce!